Absolwent Wydziału Lekarskiego Akademii Medycznej w Gdańsku, rok ukończenia studiów 2002.

Posiada specjalizację w dziedzinie patomorfologii od 2009 roku. Obecnie pracuje na Gdańskim Uniwersytecie Medycznym oraz w Uniwersyteckim Centrum Klinicznym. Doktor Kowalski jest członkiem kilku polskich oraz międzynarodowych towarzystw naukowych skupiających się na tematyce patomorfologicznej i onkologicznej, zwłaszcza dotyczącej nowotworów klatki piersiowej.